Vers la consécration

Si le chantier est relancé de manière ponctuelle durant la seconde moitié du XIVe siècle, il ne reprend véritablement qu’au début du XVe siècle sous l’épiscopat de Jérôme d’Ochon (1410-1425) puis de Galceran Albert (1431-1453). Ce dernier, frère du gouverneur de Roussillon et de Cerdagne, semble avoir eu un rôle décisif dans la poursuite des travaux, qui sont confiés à l’architecte Guilhem Sagrera (v.1380-1453) dès 1416. A partir des années 1430, la nef et ses chapelles latérales sont peu à peu édifiées tandis qu’une salle capitulaire située au niveau du chevet est achevée.

Durant les années 1460 à 1490, le chantier entre dans sa dernière phase avec la pose des voûtes de la nef et du choeur. Cette ultime étape se déroule dans un climat politique particulièrement troublé dans la mesure où Perpignan est alors une place-forte occupée par les armées du roi de France. En 1462, une guerre civile oppose en effet les Catalans à leur roi Jean II d’Aragon. Afin de faire cesser la révolte, Jean II s’allie avec Louis XI, qui envoie des troupes assiéger la ville. Les Perpignanais capitulent en janvier 1463 et prêtent serment au chef des armées françaises, le duc de Nemours, dans l’église Saint-Jean-le-Vieux.  Dix ans plus tard, après une tentative de reconquête des comtés annexés menée par Jean II, Perpignan subit un deuxième siège qui suspend momentanément les travaux à Saint-Jean-le-Neuf. La résistance opposée par les habitants aux Français conduit Jean II à donner le titre de Fidelissima Vila à Perpignan. En 1493, au moment où la construction de la collégiale touche à sa fin, la signature du traité de Barcelone conclu entre la France et l’Espagne met un terme à trente ans d’occupation française sur le territoire roussillonnais.

Bien qu’il soit difficile de le dater avec précision, l’achèvement du chantier coïncide toutefois avec la célébration des premiers offices religieux à Saint-Jean-le-Neuf. En 1453, une messe avait déjà eu lieu à l’occasion de la nomination de l’évêque Joan de Margarit i de Pau à la tête du diocèse d’Elne. 

Une fois les travaux terminés et les objets du culte déplacés depuis Saint-Jean-le-Vieux, la nouvelle collégiale est consacrée le 16 mai 1509. Cette cérémonie, présidée par l’évêque de Sébaste, Antoni Guerau, fait officiellement de Saint-Jean-le-Neuf un espace sacré où se déroule désormais l’exercice du culte. Elle est d’autant plus symbolique qu’elle a lieu le même jour que la consécration présumée  de Saint-Jean-le-Vieux en 1025. Le choix de cette date fondatrice dans l’histoire de Perpignan place ainsi la collégiale dans la lignée de l’église primitive. L'année suivant la consécration, en 1510, les chanoines formant le chapitre rattaché à Saint-Jean-le-Neuf s'installent dans la collégiale.