Après les travaux conservatoires réalisés au XIXe siècle, les interventions suivantes visent à isoler le monument de ses abords afin de lui redonner une place centrale et de valoriser l'ensemble cathédral. Dès 1853, l'inspecteur général des édifices diocésains Léon Vaudoyer constate que la cathédrale est « engagée de tous côtés dans des constructions qui en dérobent la vue ». Entourée au sud par un ilôt de bâtiments comme le montre un plan daté de 1836, elle est bordée à l'est par les locaux du séminaire bâti en 1826. 

Plan de la cathédrale de Perpignan et des locaux qui en dépendent, fait par l'architecte du département des Pyrénées-Orientales Prosper de la Barrière, chevalier de Basterot, le 9 janvier 1836

© Archives nationales, France, F/19/7816

Il faut attendre les années 1890 pour qu'un véritable projet de dégagement se concrétise à l'initiative de l'architecte Léon Bénouville. Celui-ci fait démolir des constructions jouxtant la cathédrale du côté sud et y construit un presbytère en 1899. Sous la direction de son successeur Albert Mayeux, la façade occidentale demeurée inachevée fait l'objet de travaux de consolidation et de restauration à partir de 1903 tandis que le parvis est détruit. Enfin, après une autre opération de dégagement visant le chevet, le passage entre l'église Saint-Jean-le-Vieux et la cathédrale est rouvert en 1920.

La mise en valeur de la cathédrale Saint-Jean-Baptiste passe également par la reconnaissance de son intérêt historique et patrimonial dès le milieu du XIXe siècle. Dans un rapport de 1851, le correspondant de la Commission des Monuments historiques François Jaubert de Passa affirme la nécessité de classer la cathédrale et distingue plusieurs éléments remarquables dans son mobilier tels que le retable majeur ou la cuve baptismale. La cathédrale est officiellement classée le 9 août 1906, quelques mois après la promulgation de la loi de séparation des Églises et de l’État. Cette loi entraîne des changements dans la gestion des lieux de culte et notamment des cathédrales classées, qui dépendent à présent de l'administration des Beaux-Arts et de son service des Monuments historiques.