Pour la ville de Perpignan comme pour sa collégiale, le XVIIe siècle constitue une période de transition marquée par des bouleversements à la fois politiques et religieux. Certains de ces événements concernent directement la collégiale Saint-Jean-le-Neuf tel que le transfert de la résidence de l’évêque et du chapitre à Perpignan en 1602.
D’Elne à Perpignan : le transfert de la résidence épiscopale
Créé au VIe siècle, le diocèse d’Elne a pour siège la cathédrale Sainte-Eulalie-et-Sainte-Julie. À partir du XIIIe siècle, l’évêque d’Elne assume également la charge de chapelain majeur de la collégiale Saint-Jean, ce qui l’amène à résider de plus en plus fréquemment à Perpignan.
En 1601, le pape Clément VII autorise l’installation définitive de l’évêque et des chanoines à Perpignan tout en maintenant le siège de l’évêché à Elne. Demandé par les consuls perpignanais dès les années 1570 mais contesté par les prêtres d’Elne, le transfert de la résidence épiscopale cristallise la rivalité entre les deux villes. Le 30 juin 1602, une procession menée par l’évêque de Barcelone accompagne les reliques des saintes patronnes d’Elne, Eulalie et Julie, jusqu’à Perpignan. Avec ce transfert, la collégiale est élevée au rang de cathédrale du diocèse, remplaçant ainsi la cathédrale Sainte-Eulalie-et-Sainte-Julie dans ses fonctions.
La conquête du Roussillon et ses conséquences
Sa position de ville-frontière fortifiée entre la France et l’Espagne place Perpignan au coeur du conflit entre ces deux puissances. Déclarée en 1635 dans le cadre de la guerre de Trente Ans, la guerre franco-espagnole est l’aboutissement de tensions et d’affrontements réguliers entre les deux monarchies. Elle se double de tensions internes au sein du royaume d’Espagne. En 1640, les Catalans révoltés contre le souverain Philippe II concluent une alliance avec le roi de France Louis XIII, qui s’engage à protéger la Catalogne. Dans les mois suivants, le siège de Perpignan par les troupes françaises signe le début de la conquête du Roussillon, rendue officielle par le traité des Pyrénées en 1659. Les comtés du Nord de la Catalogne entrent ainsi définitivement dans le royaume de France et forment la province de Roussillon, du Conflent et de Cerdagne. Administré par un gouverneur et un intendant, doté d’un Conseil souverain qui contrôle le pouvoir judiciaire, le Roussillon adopte peu à peu les usages du royaume de France en dépit de certaines résistances à l’échelle locale.
Vue de détail du plan-relief de la ville de Perpignan (1686) centrée sur la cathédrale
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La conquête du Roussillon a également des conséquences sur le plan religieux. À Perpignan, le siège épiscopal reste vacant entre 1643 et 1668 en raison d’un conflit autour de la nomination de l’évêque. À travers ce conflit qui mobilise le chapitre d’Elne mais aussi le roi Louis XIV et le pape, deux doctrines religieuses s’opposent : le gallicanisme, qui prône l’autonomie de l’Église et du pouvoir royal vis-à-vis du pape, et l’ultramontanisme, qui défend l’autorité suprême du pape sur les affaires de l’Eglise. En 1669, l’évêque catalan nommé par Louis XIV, Vincent de Margarit, est finalement approuvé par le pape. Après la mort de cet évêque quelques années plus tard, l’évêché est systématiquement confié à des Français.