Du rétablissement du culte aux travaux de conservation

A l'issue des troubles révolutionnaires, la cathédrale de Perpignan reprend peu à peu sa fonction. Si le Concordat visant à apaiser les relations entre l'Etat et l'Eglise rétablit le culte dans les édifices religieux en 1801, il réduit également le nombre de diocèses sur le territoire. Le diocèse d'Elne-Perpignan est supprimé au profit de Carcassonne, ce qui fait perdre provisoirement à la cathédrale son statut d'église principale du diocèse. Malgré une pétition de la municipalité adressée au roi Louis XVIII en 1814, le diocèse n'est effectivement remis en place qu'en 1822. Deux ans plus tard, les chanoines ayant quitté la cathédrale reviennent s'y installer et l'évêque nommé par le roi prend possession du siège épiscopal. Ce retour à la normale permet le lancement d'une série de travaux d'entretien rendus nécessaires par les dégradations constatées depuis plusieurs années sur le monument. Poursuivis tout au long du XIXe siècle, ces travaux concernent notamment les voûtes, les toitures et les vitraux.

Au XIXe siècle, la gestion de ces travaux d'entretien et de restauration des cathédrales est assurée par l’État via le Conseil des Bâtiments civils puis l'administration des Cultes et le service des Édifices diocésains. Ces travaux révèlent parfois des divergences d'opinion entre l’État et les représentants de l’Église sur l'organisation de la liturgie. A la cathédrale Saint-Jean-Baptiste, l'évêque Jean-François de Saunhac-Belcastel (1823-1853) demande dès les années 1820 le réaménagement du choeur afin de séparer les chanoines et les fidèles pendant les offices. A l'opposé du projet défendu par l'architecte du département, qui prévoit d'installer le choeur dans l'abside, l'évêque souhaite déplacer le choeur des chanoines dans la nef tel qu'il était disposé avant la Révolution. Pour des raisons pratiques autant qu'esthétiques, la proposition de l'évêque est refusée par le Ministre des Cultes car elle « aurait l'inconvénient de resserrer la nef, de gêner la circulation et les abords des chapelles latérales, de réduire le nombre de places des assistants et de les éloigner de l'autel, de nuire à l'effet architectural de l'édifice, enfin d'isoler le clergé et de le mettre en vue d'une manière peu convenable au milieu des fidèles. »  (Avis du ministre de la Justice et des Cultes au préfet, 8 février 1843, Archives départementales des Pyrénées-Orientales, 3 V 6)

Outre ce débat autour de l'emplacement du chœur, l'épiscopat de Monseigneur de Saunhac-Belcastel est caractérisé par la montée d'un sentiment d'anticléricalisme marqué à Perpignan depuis le début du XIXe siècle. Un de ses successeurs, Emile Ramadié (1864-1876), rencontre également des difficultés dans ses relations avec le clergé et les fidèles. Il interdit notamment l'usage du catalan dans les prédications à la cathédrale et rejette certaines traditions populaires comme le fait d'habiller et de parer de bijoux les statues des saints et de la Vierge. C'est à la fin de son mandat, en 1876, que la cathédrale obtient du pape Pie IX le titre exceptionnel de basilique mineure pour « la virginité de sa foi [..], l'illustration de son histoire, [..] la célébrité de ses grands évêques [et] son amour ardent pour la Sainte-Eglise. » Cette distinction est accordée à certains lieux de culte pour souligner leur importance d'un point de vue religieux mais aussi historique.