Considérée comme la première église paroissiale de Perpignan et située sur le flanc nord de la cathédrale actuelle, l'église Saint-Jean-le-Vieux est étroitement liée aux origines de la ville et de son ensemble cathédral. Si l'édifice visible aujourd'hui est une construction romane (XIe-XIIe siècles), il succède en réalité à deux églises construites dès le VIIe siècle. Élément central autour duquel se structure un quartier d'habitations et de celliers appelé cellera, Saint-Jean-le-Vieux est mentionné dès le XIe siècle dans les sources, notamment lors de sa consécration en 1025. Toutefois, l'authenticité du document témoignant de cette consécration a récemment été remise en question par les historiens. 

En 1102, la création d'un collège de quatorze chanoines par le comte du Roussillon Gilabert II marque un tournant dans l'histoire de Saint-Jean-le-Vieux, qui passe du statut d'église paroissiale à celui de collégiale. Les chanoines vivent en communauté près de l'église, dans un ensemble de bâtiments désignés sous le nom de Canorga. Au cours des siècles suivants, l'église est progressivement agrandie, aménagée et dotée de chapelles élues comme lieux de sépulture par des ecclésiastiques et des familles de l'aristocratie locale. A partir du XIVe siècle, une nouvelle collégiale dite Saint-Jean-le-Neuf est édifiée à l'emplacement du cimetière entourant Saint-Jean-le-Vieux. A l'issue d'un long chantier qui s'étend sur près de deux siècles, le culte est finalement transféré en 1508 dans la collégiale. Si la plupart des dévotions sont déplacées vers Saint-Jean-le-Neuf, certaines chapelles de Saint-Jean-le-Vieux continuent d'être affectées au culte et l'église conserve un usage funéraire.

Plan de la nouvelle et ancienne église de Perpignan et de la maison du Palais épiscopal et de ce qui en dépend à Perpignan, 15 septembre 1762

© Archives municipales Camille Fourquet, 1fi183

Le XVIIIe siècle constitue le début d'une période de transformations et de destructions. En 1707, l'évêque d'Elne et les consuls se partagent l'édifice : la nef centrale et le bas-côté nord sont annexés au palais épiscopal tandis que le bas-côté sud est utilisé comme dépôt d'huile et de bois pour la cathédrale. Quelques années plus tard, le clocher en mauvais état est détruit dans sa partie supérieure avant d'être reconstruit à la fin du siècle. Au cours de la Révolution, le bas-côté nord est associé à l'hôpital Saint-Jean, devenu hospice de la Miséricorde. Certaines parties de l'église sont également endommagées à cette période.

Au XIXe siècle, l'église est en partie achetée par l'entrepreneur Edmond Bartissol et convertie en usine électrique, faisant ainsi disparaître de nombreux vestiges médiévaux. Depuis son rachat par l'Etat, l'édifice a fait l'objet de plusieurs campagnes d'étude et de restauration en vue de sa réhabilitation. 

Vue de l'usine électrique installée dans l'église Saint-Jean-le-Vieux. Photo A Vick. Sans date.

Source : Charenton-le-Pont, MPP, 98/28/43, "Travaux de restauration et de mise en valeur. Projet de fouille archéologique. Janvier/Septembre 1985".